La traque du Covid-19 commence dans les égouts

La Commission européenne vient de "recommander" – la politique de santé étant une compétence nationale – aux États membres de mettre en place "dès que possible, et au plus tard le 1^er octobre 2021", un système national de surveillance des eaux usées "en tant qu'outil complémentaire de collecte et de gestion des données sur la pandémie de Covid-19, en mettant l'accent sur l'apparition et la propagation des variants du SARS-CoV-2". Un système de surveillance qui devrait être "largement représentatif de la population", et s'appliquer "au moins aux eaux usées des grandes agglomérations de plus de 150.000 habitants", des sites d'échantillonnage supplémentaires pouvant notamment être sélectionnés "pour mieux comprendre la circulation du virus liée à d’éventuels mouvements de population à travers différents territoires (par exemple, vers les sites touristiques pendant la saison estivale)". La Commission prévoit également de fournir une aide financière afin de favoriser la constitution de ces systèmes ainsi que la création d'une plateforme d'échanges européenne dédiée.

La recommandation invoque les résultats d'une consultation d'experts organisée le 30 novembre dernier par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS), "à l’issue de laquelle elle a conclu que cette surveillance pouvait fournir des informations complémentaires et indépendantes importantes aux autorités de santé publique". Une OMS qui n'est toutefois pas toujours facile à suivre. Ainsi indiquait-elle le 16 décembre 2020 dans des "orientations provisoires" sur "la surveillance de la santé publique dans le contexte de la covid-19" – non évoquées par la Commission – que "de nouvelles approches, comme la surveillance environnementale de fragments viraux non infectieux du SARSCoV-2 dans les eaux usées, sont à l’étude, mais ne sont pas encore suffisamment établies pour être appliquées de manière systématique". Et ce, après avoir pourtant indiqué dans d'autres orientations provisoires, de juillet 2020, relatives à "l'eau, l'assainissement et la gestion des déchets en rapport avec le SARS-Cov-2", que "la surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées et les boues peut compléter les données de santé publique et fournir, par exemple, des informations sur le moment où le nombre de cas peut atteindre un pic 5 à 7 jours avant que ces pics ne soient détectés par les établissements de santé et les autorités sanitaires"… Des atermoiements qui peuvent surprendre puisque dès mars 2020 et l'apparition des premiers cas, des chercheurs aux Pays-Bas et aux États-Unis mettaient en évidence que le génome du coronavirus pouvait être détecté dans les eaux usées, augurant du fait que la surveillance de ces dernières peut constituer une source d'information – que la Commission juge dans sa recommandation "efficace, rapide et fiable" – sur la propagation du virus.

Un réseau de quelque 150 STEU sentinelles

En France, le réseau Obépine (OBservatoire ÉPIdémiologique daNs les Eaux usées) – consortium de recherche regroupant différents laboratoires (des universités de la Sorbonne, de Lorraine et de Clermont-Ferrand), Eau de Paris, l'Ifremer ou encore l'Institut de recherche biomédicale des armées – s'est constitué à cette fin dès avril 2020 et multiplie depuis les travaux. À l'occasion d'un échange organisé le 16 mars dernier par le réseau Îsée (animé par l'Observatoire régional de santé de l'institut Paris Région), en partenariat avec l’agence de l’eau Seine-Normandie, Laurent Moulin, responsable du département R&D d’Eau de Paris, a notamment mis en avant la constitution en cours d'un réseau de quelque 150 stations de traitement des eaux usées (STEU) dans toute la France, dans lesquelles sont conduites des analyses régulières permettant de suivre la circulation du virus, et donc de mieux anticiper sa réémergence. Un dispositif soutenu par le ministère de la Recherche (qui lui a octroyé 3 millions d'euros), qui a déjà reçu l'accord de nombreuses collectivités et dont les résultats sont régulièrement mis en ligne de manière ouverte sur le site du réseau. Le débat sur l'intérêt de ce suivi semble donc définitivement clos. On relèvera d'ailleurs que dans son avis du 19 février dernier sur le projet d'arrêté relatif à l'épandage des boues d'épuration, l'Anses indiquait que "le SARS-CoV-2 peut être détecté très précocement dans les eaux usées générant des boues bien avant les indicateurs épidémiologiques".

Quels risques ?

Revers de la médaille, la présence du virus dans ces eaux pourrait inquiéter. Lors de la réunion Isée, Christophe Dalloz, chef du service technique de l’eau et de l’assainissement à la ville de Paris, a ainsi souligné que la question avait constitué "un gros sujet de préoccupation et de discussions, pendant huit mois, avec les agents travaillant dans les égouts " – un peu moins de 400 personnes dans son service, auxquelles il faut ajouter les intervenants des opérateurs privés, notamment pour l'installation de câbles et réseaux. Depuis, les craintes semblent néanmoins apaisées.

Comme il l'avait déjà été à l'occasion du 34^e congrès d'Amorce, Laurent Moulin s'est voulu une nouvelle fois rassurant, soulignant "le caractère peu infectieux du virus dans les eaux usées" et l'absence "de problématique sur l'eau potable, le virus étant très sensible au traitement de désinfection".
Dans ses orientations provisoires de juillet 2020, l'OMS relevait elle aussi, d'une part que "le SARS-CoV-2 infectieux n’a pas été détecté dans les eaux usées traitées ou non traitées" mais seulement "des fragments d’ARN viral", et d'autre part que "le virus infectieux n’a pas été détecté dans les réseaux d’eau potable".

En matière d'eau potable, les craintes ne semblent jamais avoir été très importantes, comme en témoigne la confiance maintenue des usagers. En revanche, une recommandation de l'Anses d'avril 2020 avait conduit le gouvernement à interdire l'épandage des boues de stations d'épuration "sans hygiénisation préalable", source de grandes difficultés, notamment financières, pour les collectivités. Depuis le gouvernement a soumis à consultation un projet d'arrêté assouplissant les exigences en la matière.